“中心”实行理事会领导下的主任负责制。理事会由南京邮电大学、中兴通讯、行业协会和行业内骨干企业等产学研各方人员构成。主要责聘任中心主任以及副主任等任命，确定发展目标和重要研究领域 或研究课题，审议和批准财务预决算等重大事项。

中心主任负责整个工程中心的全面规划和管控，包括审批各级重要研发管理人员的人事任命、重大特殊试验的计划和技术措施，主持试验工作和定期组织召开运行分析会议。

中心设常务副主任与副主任各一名，负责所属领域的业务和人员层面的管理、组织等工作。

中心邀请国内外著名专家成立技术委员会，对整个工程中心的技术研究、发展方向等方面进行综合咨询。技术委员会委员任职周期为5年，组成人员由工程中心管理委员会聘任，主要职责是：根据本领域学科与工程技术发展趋势，对工程中心发展规划和年度计划提出论证意见和咨询意见；对研究开发项目的可行性报告提出咨询意见；开展相关技术咨询服务。

技术开发部下设六个分中心，分别是：宽带网络分中心、宽带无线传输分中心、智能大数据处理分中心、网络信息安全分中心、互联网+智能制造分中心、产业应用分中心。各个分中心负责人根据各自管辖的研究领域，组织学术骨干对研究领域内容进行有针对性的指导、检查和监督，并负责研究过程中的技术创新和产品投入生产前的试验工作。

中心坚持“创新、产业化”的指导方针，按照建设国家地方联合工程研究中心的指导性意见，采用相对独立研发实体的运营机制。

中心全面推行聘任制度，公开招聘，引进创新型人才。通过聘任制引进高层次人才，建立开放式、流动性的用人机制，由国家地方联合工程研究中心自主决定聘用人员的岗位设置，建立科学合理的研究团队。除了根据不同岗位设置固定编制人员外，还设置客座研究人员岗位，受聘的客座教授将根据合同为国家地方联合工程研究中心提供先进的科研管理经验和科研成果。激活国家地方联合工程研究中心的科研学术氛围，调动科研人员的积极性和创造性。 

实行研究方向带头人负责制，优化科研组织结构。每个研究方向设一名带头人，5~6 名科研骨干，若干名科研辅助人员。带头人全面负责本课题组工作，制定研究方向和内容，落实课题进度和目标完成情况，对组成员进行绩效考核等。

重视开发平台建设，优化资源合理配置。通过开发平台建设，国家地方联合工程研究中心研究方向将以对应的科技平台为依托，进行仪器设备和其它科技资源的优化配置，从人、财、物三个方面实现最合理的配置。  

  中心采用对外开放的管理制度，接纳外来专家，携带技术成果，利用“中心”资源开发新产品，促进产业化进程；同时，中心积极加强与合作共建单位协同，通过联合申报项目，联合技术研发等，加强技术转化，技术转移，以及示范性产品的产业化开发和应用，与第三方龙头企业建立以市场为龙头，技术开发为后盾，高品质的产品为保证的销售、开发、生产密切配合的经营模式。