(1) 通信与网络技术国家地方联合工程研究中心实行主任全面负责制
通信与网络技术国家地方联合工程研究中心设主任1名，常务副主任1名，副主任若干名。通信与网络技术国家地方联合工程研究中心主任由南京邮电大学推荐，江苏省教育厅聘任，报教育部部备案。其他人员由通信与网络技术国家地方联合工程研究中心主任提名，南京邮电大学聘任。
通信与网络技术国家地方联合工程研究中心主任对通信与网络技术国家地方联合工程研究中心科学研究、学术交流、财务、专职人员聘任、研究生教育、资产、行政后勤、安全卫生等实行统一管理。通信与网络技术国家地方联合工程研究中心内一切重大事宜均须经通信与网络技术国家地方联合工程研究中心主任或常务副主任同意方可实施。
通信与网络技术国家地方联合工程研究中心学术委员会由国内信息学科及相关领域知名专家组成，对通信与网络技术国家地方联合工程研究中心的发展规划、研究方向及开放课题、大型学术活动等做出指导和审定。
通信与网络技术国家地方联合工程研究中心办公室主要协助通信与网络技术国家工程研究中心主任，负责协调通信与网络技术国家地方联合工程研究中心人、财、物的规划与落实，协调基础设施建设、设备维护、环境改造、后勤保障等各项日常管理工作。
通信与网络技术国家地方联合工程研究中心按研究方向设置相应研究室，研究室是通信与网络技术国家地方联合工程研究中心实施科学研究、组织学术活动、落实人才培养方案的基层单位。
(2) 积极探索通信与网络技术国家地方联合工程研究中心管理模式的创新
通信与网络技术国家地方联合工程研究中心成立综合实验平台建设总体组，负责综合实验平台的规划设计，审查各研究方向的研究计划，协调各个研究方向的研发进度等。为落实综合实验平台的建设目标，总体组每月定时召开一次例会，对各研究方向的工作进展进行检查，实施过程监控。
通信与网络技术国家地方联合工程研究中心结合研究方向和学科布局设置相应研究室，各研究室实行首席教授负责制。首席教授把握研究方向的研究内容，负责制定实施方案并组织实施。
(3) 建立和落实通信与网络技术国家地方联合工程研究中心的各项规章制度
通信与网络技术国家地方联合工程研究中心已建立相对完善的规章制度，包括“通信与网络技术国家地方联合工程研究中心机构设置规定”、“通信与网络技术国家地方联合工程研究中心学术委员会工作章程”、“通信与网络技术国家地方联合工程研究中心研究队伍工作管理规定”、“通信与网络技术国家地方联合工程研究中心仪器设备管理与使用规定”、“通信与网络技术国家地方联合工程研究中心安全管理规定”、“通信与网络技术国家地方联合工程研究中心文档管理规定”、“通信与网络技术国家地方联合工程研究中心财务管理规定”、“通信与网络技术国家地方联合工程研究中心开放课题管理办法”等，对人、财、物、教学、科研及服务等进行全面管理。
(4) 构建和谐进取的通信与网络技术国家地方联合工程研究中心文化
一个通信与网络技术国家地方联合工程研究中心的兴旺与发展，与其是否具有良好的文化氛围有着密切的关系。在保证各项规章制度落实的前提下，通信与网络技术国家地方联合工程研究中心将注重人性化的管理，提倡团结进取，合作共享的团队精神，通过学术研讨、合作攻关以及各种文体活动来吸引人、培养人。